中國醫藥大學牙醫學系成立於民國六十九年，教育目標為培養具備豐富精湛之醫學、牙醫學知識與技術，並擁有高尚品格、醫德之優秀牙醫師。本系僅招收49名學生，採小班制教學，學習效果甚佳。學生除修習牙醫課程外，並加強中國傳統醫學與牙醫學之配合應用。

自九十學年度開始中山醫學大學口腔醫學院正式成立。本校以牙科起家，我們由牙專時期的牙科改制成中山醫學院的牙醫學系，再進一步擴大為口腔醫學院，因此口腔醫學院具有承先啟後的使命。

民國五十九年開始，畢業班增至三、四十名，董事會乃議決設立牙科門診部。民國六十年十月暫設牙科門診部於信義路二段。民國六十五年八月本校附設醫院成立，牙科門診部同時開始門診；初設復形科、贗附復科、矯正科、口腔外科、口腔內科共計五科。民國七十三年開始設立各科研究室：有口顎生理學、補輟學、材料學、口腔組織病理學及細菌學等研究室。

本系的前身是臺北帝大附屬醫院齒科學教室。光復翌年郭水前主任於醫學院講授齒科學。 民國四十二年成立牙醫系，民國四十四年開始招收第一屆學生，七十七年成立牙醫科學研究所碩士班、八十年增設博士班， 八十五年獲准設立口腔生物科學研究所碩士班。四十多年來不論在教學、服務及研究各方面均已有長足的進步。

陽明牙醫學系成立於民國六十五年，為六年學制，招收自費學生。並於八十一年、八十二年分別成立臨床牙醫學研究所與口腔生物研究所碩士班。八十三年再成立牙醫學院籌備處，八十九年奉准成立牙醫學院，得使牙醫教育更趨健全。創系二十多年來，秉著兼顧基礎學理與臨床訓練的原則，培養具獨立思考及研究精神的時代青年。目前共有六百餘名畢業生，多數從事臨床醫療工作──以仁心仁術照顧國民的口腔保健；亦有部分校友繼續深造，取得歐美先進國家之著名大學的博士學位，投入尖端牙醫生物及材料科學的研究工作。陽明牙醫之畢業生於國家考試，高考及公費留考屢創佳績，每一位校友的醫德及高超醫術素養不愧陽明之嚴謹訓練。

口腔醫學院是國內第一所以學院來辦理「牙醫學教育」的地方。長久以來，我們朝著達到國際水準的牙醫學教育前進，不單是體制各種的改變，而是實質提昇的列車已啟動了。我們以系所整體運用方式、科際整合、跨領域主題研究的方式，配合國際學術交流之推動，培養我國牙醫科學、口腔衛生行政、流行病學、生物統計及預防牙醫學方面的一流人才。
為全國唯一專門研究口腔公共衛生、口腔流行病學之研究所，在於培育有獨立研究能力的口腔公衛人才，為國家儲備口衛專才。為了鼓勵在職公共衛生人士及執業牙醫師進修口腔預防醫學進修，口衛所亦配合國家成立碩士在職專班。